Software pro studium biologie - zdarma

V předchozím článku z cyklu o software pro studenty zdarma s názvem Jak ušetřit na kancelářském softwaru jsme celý cyklus zahájili. V dnešním článku budeme pokračovat a představíme si software pro biology

V oblasti molekulární biologie existuje obrovský výběr programů, každý zaměřený na jiný aspekt oboru – zobrazování, počítání interakcí, dokování, design proteinů, tvorbu organických polymerů… Všude se dá najít alespoň pár programů zdarma, i když zpravidla nemají všechny funkce komerčního softwaru. Podrobněji zde zmíním PyMOL a Avogadro, s nimiž mám vlastní zkušenost; mezi další volně dostupné programy užitečné pro studenty oboru patří třeba Ascalaph Graphics a Designer od Agile Molecules, Abalone od téže společnosti, COSMOS, TINKER, BALL, MLD Chime, chemkit a mnoho jiných.

PyMOL

PyMOL je open source program na zobrazování makromolekul, který lze i propojit s internetovými databázemi proteinů – například lze zadat číslo příslušného proteinu z PDB (Protein DataBank). Můžete molekuly zobrazovat různými způsoby, vizualizovat data z elektronového mikroskopu či rentgenové krystalografie, prohlédnout si elektrostatické síly ve sloučenině, vypsat jednotlivé aminokyseliny v proteinech či vizualizovat tunel vedoucí k aktivnímu místu enzymu a dokovat tam substrát (malé molekuly), a mnoho dalších věcí užitečných pro studium molekulární biologie. PyMOL si můžete ze stejnojmenných stránek stáhnout zdarma, zakoupením softwaru však získáváte dodatečné benefity a stáváte se sponzory dalšího vývoje.

Avogadro

Tento software, který podporuje podobné funkce jako PyMOL (ačkoli neumožňuje třeba docking), si můžete také stáhnout ze stránek Open Molecules zdarma. Je vhodný pro začátečníky a pracuje se s ním poměrně intuitivně. Na rozdíl od PyMOLu má propracovanější molekulovou dynamiku (simulaci detailního pohybu atomů a molekul).

Něco z ekologie – populace a společenstva

Programů pro využití v ekologii nenajdete tolik jako u molekulární biologie, ale přesto jich není málo. Jedná se většinou o menší projekty vytvářené jednotlivci či skupinkami lidí na univerzitách, volně ke stažení pro nekomerční využití. Z českých můžeme jmenovat například produkty Pavla Drozda a Vojtěcha Novotného z Ostravské univerzity: AccuCurve, EcoComPac a PowerNiche. Slouží zejména k vypočítání abundance různých druhů ve společenstvech, diverzity, ekvitability a dalších parametrů.

Ze zahraničních jde například o PopSize na výpočty velikostí populací druhů v přírodě na základě rychle získatelného množství dat z terénu; Compete na modelování intra- i interspefické kompetice; dále třeba Populus, NOREMARK, ESTIMATE, SURVIV, POPAN, DISTANCE a další.

Něco na závěr na články: Mendeley

Potřebujete si prakticky a přehledně roztřídit vědecké články – podle oborů, důležitosti, klíčových slov, roku publikace, autorů a jiných kritérií? A nechcete si je všechny stahovat a pak procházet složky v počítači? Pomůže vám program Mendeley Desktop, v němž si můžete všechny informace snadno uchovat a vyhledávat podle nich.

V oblasti celých přírodních věd existuje široké spektrum softwaru, který usnadňuje život studentům i vědeckým pracovníkům. Biologie není výjimkou, naopak. A pokud v nějakém programu narazíte na nedostatky nebo zjistíte, že něco schází, často můžete přímo napsat jeho autorům – a třeba se funkce zdokonalí při příští aktualizaci softwaru.