Do programu Erasmus je UK zapojena od počátku jeho existence v ČR, tedy od akademického roku 1998/1999. „Na akademický rok 2010/2011 bylo podepsáno 1393 bilaterálních dohod s partnerskými vzdělávacími institucemi“, říká rektor Univerzity Karlovy prof. Václav Hampl a dodává „Každý 3. student, který přijede z EU do ČR, zamíří na Univerzitu Karlovu.“. Podle dlouhodobého průměru tvoří podíl studentů UK vyslaných do zahraničí díky programu Erasmus 22 % všech studentů českých VŠ; UK pak přijme dokonce 30,5 % z celkového počtu zahraničních studentů, kteří prostřednictvím Erasmu přijedou do ČR. UK je velmi žádanou univerzitou pro studenty z Evropské unie.
Program Erasmus je spolufinancován ze zdrojů EU a MŠMT ČR a byl vytvořen se záměrem podpořit vzájemné vztahy a spolupráci vysokých škol v rámci evropského prostoru, zkvalitnit jazykovou výuku, informovat o vzdělávacích systémech v různých zemích a dát vzdělání evropský rozměr. V roce 2006/2007 byla ukončena druhá etapa programu Erasmus. Od roku 2007/2008 je program Erasmus součástí Programu celoživotního učení - Lifelong Learning Programme (LLP).