Ministr školství Josef Dobeš prohlásil: „Jsme si velmi dobře vědomi toho, že konkurenceschopnost české ekonomiky je významnou měrou závislá na schopnosti vytvářet a v praxi využívat poznatky vědy a výzkumu. Proto vítáme nezávislý externí pohled komplexně hodnotící systém výzkumu, vývoje a inovací v ČR podle evropských standardů. Druhá zpráva v tomto směru poskytuje cenný kritický názor na oblasti hodnocení, řízení a financování VaVaI v ČR a porovnává je se zahraniční zkušeností“.
„Český model výzkumu a vývoje za zahraničními modely pokulhává nejen z hlediska strategického řízení výzkumu, ale i v tom smyslu, že odpovědnost za inovační systémy mají všechna ministerstva. Díky tomuto rozdrobení celkovou zodpovědnost nenese žádné ministerstvo. Výraznou slabinou je, že kvalitu celého inovačního cyklu neumíme dosud ani hodnotit.“ vysvětlil Jan Koucký, náměstek ministra pro výzkum a vysoké školství.
Druhou zprávu o stavu české vědy, výzkumu a inovací (VaVaI) zpracovalo konsorcium vedené společností Technopolis z Velké Británie. K mezinárodnímu srovnání její ředitel Erik Arnold dodává: „Dokonalá řídící struktura systému VaVaI v žádné zemi neexistuje.“
Z doporučení druhé průběžné zprávy vyplývá, že zásadní změnou musí vedle systému řízení VaVaI projít i hodnocení výsledků. Má být méně mechanické, zaručovat jistou stabilitu a perspektivu institucí, a mít vazbu na chytrý systém institucionálního financování. Návrh konkrétního řešení přinese připravovaný IPN projekt ministerstva Metodika hodnocení VaVaI v ČR. Při realizaci projektu Mezinárodní audit vědy výzkumu a inovací a i v přípravě projektu Metodika MŠMT úzce spolupracuje s Radou pro výzkum, vývoj a inovace (RVVI).