Software MU bude sloužit vědcům z Harvardu

„Systém bude na Harvard Medical School sloužit přibližně 150 výzkumným laboratořím. Jsou to vědecké skupiny, které dělají velmi kvalitní výzkum, což dokládá užitečnost našeho programu. Jejich zájem o instalaci nás potěšil,“ sdělil Jiří Damborský z Loschmidtových laboratoří Přírodovědecké fakulty MU, které vznik programu iniciovaly.

Software Caver slouží k pokročilé analýze a vizualizaci proteinových struktur a tunelů, které vedou uvnitř proteinu. Jeho první verzi začali pracovníci Loschmidtových laboratoří vyvíjet ve spolupráci s Univerzitou Palackého v Olomouci již v roce 2001, kdy zahájili práce na nové metodě odbourávání toxických látek v životním prostředí. Metoda spočívá v úpravě struktury enzymů technikami proteinového inženýrství.

Aby bylo možné úpravy provést, je nutné prostředí uvnitř proteinu dobře poznat. A právě k tomu slouží systém Caver, jehož nejnovější verzi vytvořili biochemici ve spolupráci s Laboratoří interakcí člověka s počítačem, která pracuje na Fakultě informatiky MU. „Předchozí verze uměly popsat dutinu v proteinu, ta nejnovější dokáže vyhodnocovat i její změny v čase, což je důležité, protože protein se neustále pohybuje,“ vysvětlil vedoucí laboratoře Jiří Sochor.

Svého druhu unikátní řešení, které vědcům mimo jiné výrazně šetří čas, už znají odborníci po celém světě. Univerzita totiž jeho základní verzi nabízí ke stažení zdarma na internetu. Web caver.cz má dnes asi čtyři tisíce registrovaných uživatelů, přičemž nejvíc jich pochází ze zemí, kde se vědci zkoumání proteinů intenzivně věnují – téměř 800 jich je z USA, asi 350 z Japonska a další z Německa, Indie nebo Velké Británie. Systém byl opakovaně použit ve studiích vedoucích k důležitým objevům, zveřejněným v prestižním vědeckém časopise Nature.

Ohlas, který program mezi odborníky vyvolal, vedl k tomu, že MU začne systém nabízet i komerčně. Prostřednictvím spin-off firmy CaverSoft s.r.o. si budou moci software s uživatelsky příjemným rozhraním zakoupit například farmaceutické nebo biotechnologické firmy.